국가인권기구는 국민의 인권을 보장하기 위하여 헌법이나 법률에 의하여 설립되는 인권을 전담하는 기관으로서 개념상 행정부, 사법부, 입법부 등 모든 국가기관으로부터 독립하여 인권분야의 업무를 전문적으로 수행하는 새로운 국가기구이다. 그러나 국가인권기구는 다른 국가기관과는 달리 국민에 대하여 권력을 행사하는 국가기관이 아니라 국민에 대하여 권력을 행사하는 다른 국가기관을 감시 견제하는 국가기구이며 국가기관이 행하고 있는 인권보장기능을 보완 강화하는 기구이다.
따라서 국가인권기구는 다른 국가기관의 고유업무를 배제하거나 간섭하는 것이 결코 아니며 다른 국가기관이 국민으로부터 부여받은 권력을 남용하여 인권침해를 행하는 것을 막고 인권을 보호하고 향상하여야할 본래의 업무를 성실히 수행할 수 있도록 자문하고 권고하는 기능을 가진다.
따라서 국가인권기구가 본래의 기능에 충실하기 위하여는 다른 국가기관으로부터 독립성이 확보되는 것이 필수적이며 기존의 3권 분립하에서 국가권력의 남용이나 오용을 예방하고 방지하는 기존의 인권보장제도의 한계를 보완하고 국민의 인권을 실질적으로 보장하기 위한 기구로서 국가권력에 대한 견제와 감시가 주요한 기능이다.