일본 기독교의 현주소를 살펴보면 1억 2700만 인구 중 개신교인은 0.4%인 60여만 명에 불과하며 이 중에서 26만 명만 매주 교회에 나간다. 기독교인은 가톨릭을 포함해 0.88%이며 8000여개의 교회 중 15%가 목회자가 없는 교회이다. 선교사의 무덤이라는 열악한 상황에서 일본인에게 복음을 전하기 위해서는 한국인 시각이 아니라 일본의 입장에서 접근해야 한다. 한국과 일본은 비슷한 것 같지만 기독교적 측면에서는 너무 다르고 복잡하다.
1549년 예수회 신부인 프란시스코 일행에 의해 일본에 로마 가톨릭이 전래되었다. 예수회 선교회는 가는 선교지마다 교육기관을 설립하였다. 개신교의 전래는 1859년경이었다. 메이지 시대 (1868~1912)에는 에도시대(1853~1867)의 기독교 금지를 이어오다가 구미 열강의 강렬한 항의에 의해 1873년 기독교 금지를 해제하였다. 1587년 도요토미 히데요시의 금교령 이후 약 300 정도의 기독교 금지 시대는 막을 내리고 그 해 일본 최초의 개신교 교회가 설립되었다. 삿포로 밴드는 개인주의적인 성향, 요코하마 밴드는 교회 주의적 성향, 구마모토는 국가주의적 성향이 강했으며 이들 세 조직의 공통점은 애국적이며 독립정신이 강했다. 가톨릭은 파리 외국 선교회가 독점적으로 선교 활동을 시작했다.
기독교가 일본 교육계에 미친 영향을 보면 여성교육에 있어서 일본 사회에 미친 영향이 매우 컸다. 외국인 선교사들은 교육 사업을 단지 선교수단으로만 이용하는 것이 아니라 일본의 국민 수준을 향상시키기 위해 교육 사업을 지원하였다. 이는 개혁적인 전통이 강한 미국 개신교의 전통적인 선교 방법이었다. 실제로 미국인 선교사들 대부분이 신앙인이면서 동시에 뛰어난 교육자들이었다.
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