화학실험 - 펩타이드 질량 분석과 단백질 동정
화학실험 - 펩타이드 질량 분석과 단백질 동정
1. Abstract Introduction
우리의 몸은 단백질로 이루어져 있다. 우리 몸 안에서의 반응들을 이해하는 데는 각각의 반응에서 어떤 단백질들이 이용되는지 아는 것이 중요하다. 그러면 단백질을 구분하는 방법에는 어떤 것들이 있을까 분자량측정이나 다른 여러 방법들이 있겠지만, 최근 가장 많이 쓰이는 것이 MALDI-TOF-MS라는 방법이다. 이번 실험에서는 이러한 MALDI-TOF-MS방법을 사용해 주어진 단백질이 어떤 단백질인지 구별해본다.
2. Data Result
미지의 단백질 A를 트립신으로 가수분해 시킨 뒤, MALDI-TOF 질량분석기로 펩타이드 조각들의 질량을 측정하였다. 아래는 peak가 비교적 높은 펩타이드들의 결과이다.
m/z
SN
Quality Fac
Res.
Intens.
Area
690.032
7.4
77
567
70.71
144
1481.096
20.6
1027
1499
284.13
649
1569.300
76.1
3024
1567
1508.9
5321
1825.575
14
467
3167
147.82
326
여기서 m/z는 비질량인데, 원래의 비질량의 정의는 1C당 g수이다. 여기에서는 +1가 이온 1개의 전하량이 1.6*10^(-19)C이니까, 이를 +1z이라 재정의 하고, +1가의 이온의 전하 당 질량을 나타낸 것이다. 우리가 측정한 [M+H]+는 +1가 이므로 여기서의 비질량은 분자량과 같다. intens는 peak의 높이인데, 숫자가 클수록 많이 검출되었다는 소리이다. area는 스펙트럼의 면적을 나타낸 값으로 intens와 같은 추세를 갖는다.
결과처리
1) 대표 펩타이드별 비행시간의 비교
단백질
대표 펩타이드
분자량
속도(m/s)
1m 비행시간(s)
BSA
DAFLGSFLYEYSR
1566.69
4.96 x 104
2.01 x 10-5
Lysozyme
IVSDGNGMNAWVAWR
1674.74
4.80 x 104
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우리의 몸은 단백질로 이루어져 있다. 우리 몸 안에서의 반응들을 이해하는 데는 각각의 반응에서 어떤 단백질들이 이용되는지 아는 것이 중요하다. 그러면 단백질을 구분하는 방법에는 어떤 것들이 있을까 분자량측정이나 다른 여러 방법들이 있겠지만, 최근 가장 많이 쓰이는 것이 MALDI-TOF-MS라는 방법이다. 이번 실험에서는 이러한 MALDI-TOF-MS방법을 사용해 주어진 단백질이 어떤 단백질인지 구별해본다.
2. Data Result
미지의 단백질 A를 트립신으로 가수분해 시킨 뒤, MALDI-TOF 질량분석기로 펩타이드 조각들의 질량을 측정하였다. 아래는 peak가 비교적 높은 펩타이드들의 결과이다.
m/z
SN
Quality Fac
Res.
Intens.
Area
690.032
7.4
77
567
70.71
144
1481.096
20.6
1027
1499
284.13
649
1569.300
76.1
3024
1567
1508.9
5321
1825.575
14
467
3167
147.82
326
여기서 m/z는 비질량인데, 원래의 비질량의 정의는 1C당 g수이다. 여기에서는 +1가 이온 1개의 전하량이 1.6*10^(-19)C이니까, 이를 +1z이라 재정의 하고, +1가의 이온의 전하 당 질량을 나타낸 것이다. 우리가 측정한 [M+H]+는 +1가 이므로 여기서의 비질량은 분자량과 같다. intens는 peak의 높이인데, 숫자가 클수록 많이 검출되었다는 소리이다. area는 스펙트럼의 면적을 나타낸 값으로 intens와 같은 추세를 갖는다.
결과처리
1) 대표 펩타이드별 비행시간의 비교
단백질
대표 펩타이드
분자량
속도(m/s)
1m 비행시간(s)
BSA
DAFLGSFLYEYSR
1566.69
4.96 x 104
2.01 x 10-5
Lysozyme
IVSDGNGMNAWVAWR
1674.74
4.80 x 104
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