교류분석이론과 체계이론의 차이점은 첫째, 교류분석(TA)는 심리적인 접근보다는 환경의 변화를 강조하는 체계이론의 특성을 보완해 주는 장점을 갖는다. 위에서도 밝혔듯이 TA이론은 개인의 변화를 통한 환경의 변화, 그리고 체계이론은 환경이 변화를 통한 개인의 적응력 향상에 보다 초점을 두고 있는 것이지, 결코 한쪽만을 변화시키겠다는 이분법적인 실천 내용이 아닌 것이다. 따라서 이 두 가지를 방법적인 면에서 서로 보완하여 장점을 극대화시켜 나가는 것이 필요하겠다. 그리고 분석사의 판단에 따라 내담자를 진단하는 정신분액과는 달리, TA는 내담자의 대화를 통하여 그 심리사회적 자기 ․ 타인 이해상태를 스스로 이해하게 하며, 심리사회적인 접근을 통해 인간 스스로가 환경의 변화를 유도해낼 수 있는 준비를 하게 한다.
둘째, 체계이론은 상호작용이어서 내적인 사고와 감정보다는 한 사람이 다른 사람에게 미치는 영향을 강조한다.
TA이론은 다른 사람에게 미치는 영향의 개인적 배경과 그 영향으로 인한 개인의 영향을 동시에 바라볼 수 있도록 해 준다.
셋째, 체계이론이 갖는 해설적인 개념기술로 인해 관계성과 원인관계의 설명이 불명확한 단점을 TA이론은 개인의 상호교류를 통한 관계로 설명할 수 있다.
체계이론은 보다 넓은 과점에서 기술하다 보니 원인관계의 설명에는 취약한 단점이 있다. 이러한 단점을 TA는 미세한 부분에서 아주 잘 설명하고 있다.
즉 개인에 대한 설명을 하는 것이 TA이라면, 이러한 개인이 모인 사회를 설명하는 것이 체계이론이라고 할 수 있다.
넷째, 체계이론은 체계들의 부분들을 통합하는 것에 대해 그 중요성을 지나치게 강조하고, 한 체계를 유지하기 위해서는 모든 부분이 필요하며, 체계는 변화보다는 평형을 유지해야 한다는 것을 전제로 하고 있다.
그러나 TA에서는 변화를 매우 중요시한다. 왜냐하면 변화를 통한 자신의 발전을 기할 수 있으며, 예전에 형성되었던 비이성적 교류 패턴을 변화과정을 통해 자율적 변화과정으로 승화시킬 수 있기 때문이다. 따라서 체계이론과 TA이론은 서로 상호보완적인 입장을 갖고 있다고 볼 수 있겠다.
다섯째, 체계의 측면에서의 엔트로피 및 생존의 개념은 생물학적 ․ 물리적 측면과 유사한 여러 특성이 있듯이 모든 사회체계 내에 적용할 수 없다는 비판이 있다. 그러나 이것은 인간의 변화가능성과 대응가능성 자체를 고려하지 않았기 때문이다.
이러한 체계의 엔트로피의 설명 속에 다시 작은 체계인 인간의
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